Honda Clarity PHEV juga didukung Intelligent Power Unit (IPU) dengan baterai berkapasitas 17.0 kWh yang ditempatkan pada bagian bawah lantai mobil. Sebuah DC converter berkapasitas 12 volt juga ditempatkan di bagian tengah mobil, sedangkan tangki bensin ditempatkan dibawah bagasi untuk menciptakan kabin yang lapang.
Dengan mengadopsi metode water-cooling, proses pendinginan baterai menjadi lebih efisien, sedangkan layout yang minimalis mendukung ukuran baterai lebih kecil dengan durabilitas lebih tinggi.
Honda Clarity PHEV juga dirancang dengan sebuah sistem pedal yang memungkinkan pengemudinya mengetahui batas kecepatan maksimal saat menggunakan EV Mode. Saat pengemudi menekan pedal gas hingga batas kecepatan tertentu, akan muncul reaksi “klik” pada pedal yang serupa dengan saat menyalakan switch button. Reaksi ini memberitahukan pada pengemudi bahwa mobil telah mencapai kecepatan maksimalnya dalam EV Mode.
Honda Clarity PHEV menyediakan dua soket, yaitu soket untuk pengisian listrik secara normal dan soket untuk pengisian listrik secara cepat (fast-charging) yang mampu mencapai status pengisian 80% dalam waktu 30 menit.
Saat melakukan fast-charging, Honda Clarity PHEV dapat tetap dinyalakan dengan kondisi pendingin udara, sistem audio dan pemanas kursi yang juga menyala sehingga penumpang tetap nyaman di dalam kendaraan saat melakukan pengisian daya. Selain itu, mobil ini juga dapat menyalurkan tenaga listrik ke perangkat lainnya yang kompatibel.