Namun di luar ambisi NASA terkait Bulan, badan antariksa tersebut menghadapi ketidakpastian mengenai pendanaan dan tujuannya. Awal tahun ini, rancangan anggaran Presiden Trump menyarankan pemotongan lebih dari 6 miliar dolar AS, atau sekitar 24%, dari pendanaan NASA, tetapi proposal tersebut mendapat penentangan keras dari para anggota parlemen di DPR dan Senat.
Konfirmasi Isaacman juga menimbulkan pertanyaan tentang hubungannya dengan Elon Musk. Pendiri dan CEO SpaceX itu pernah menjadi sekutu dekat Trump dan mendukung Isaacman ketika ia pertama kali dinominasikan. Keputusan presiden untuk menarik nominasi Isaacman juga bertepatan dengan perseteruan publik antara Trump dan Musk.
Dalam sidang konfirmasi, Isaacman diinterogasi tentang hubungan tersebut, termasuk bagaimana urusan bisnisnya terkait dengan SpaceX. Isaacman terbang ke luar angkasa dua kali dalam misi komersial SpaceX, membiayai penerbangan itu sendiri dengan jumlah yang tidak diungkapkan.